Ingénieure en biotechnologie de l’Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg, elle a commencé sa carrière comme attachée de recherche Clinique d’abord chez Rhône-Poulenc, puis chez Pierre Fabre et ensuite chez Genetics Institute jusqu’à ce que Wyeth rachète cette dernière. Elle a endossé plusieurs postes à responsabilité croissante au sein de l’entreprise et dans des domaines variés (hémophilie, anti-infectieux, oncologie, neurologie) jusqu’à être nommée Responsable de la franchise la plus importante de Wyeth, la Business Unit Rhumatologie et Dermatologie.
En novembre 2007, Emmanuelle Quilès est nommée Présidente Directrice Générale de Wyeth France et, après l’acquisition par Pfizer en 2009, elle est confirmée Présidente de Pfizer France, leader mondial de l’industrie pharmaceutique.
En décembre 2012, elle quitte l’entreprise pour se lancer dans l’aventure entrepreneuriale et fonde Harmonium, une start-up européenne spécialisée dans la diabétologie.
Elle est nommée Présidente de Janssen France le 5 janvier 2015 et créée le Forum Femmes et Santé en 2016, en collaboration avec 9 femmes, toutes issues du monde de la santé.
